Από την ίδρυσή του στο ΜΦΙ διενεργείται εργαστηριακός έλεγχος σε εισαγόμενα και εξαγόμενα φυτά και φυτικά προϊόντα για ελεγχόμενους επιβλαβείς οργανισμούς (καραντίνας και μη καραντίνας) με σκοπό την αποφυγή εισόδου στη χώρα επιβλαβών οργανισμών καραντίνας και την εξασφάλιση ότι τα φυτών και φυτικά προϊόντα που εξάγονται είναι ελεύθερα από επιβλαβείς οργανισμούς που υπάγονται σε περιορισμούς σε τρίτες χώρες. Από το 2002 τα Εργαστήρια του ΜΦΙ είναι επίσημα εργαστήρια φυτοϋγείας (Π.Δ. 365/ΦΕΚ 307Α/10-12-2002) και από το 2021 τα Εθνικά Εργαστήρια Αναφοράς (Π.Δ. 37/ΦΕΚ 94/Α/10-6-2021). Οι έλεγχοι περιλαμβάνουν μεταξύ άλλων, εργαστηριακούς ελέγχους σε δείγματα φυτών για το φυτοπαθογόνο βακτήριο Xylella fastidiosa, σε σπόρους για τον Ιό της Καστανής κηλίδωσης της τομάτας, το φυτοπαθογόνο μύκητα Synchytrium endobioticum σε κονδύλους πατάτας, τους κυστογόνους φυτοπαρασιτικούς νηματώδεις Globodera pallida, G. Rostochiensis σε κονδύλους πατάτας, τα ακάρεα Brevipalpus californicus και B. essigi σε ακτινίδια για εξαγωγές σε Αργεντινή.
Μπενάκειο Φυτοπαθολογικό Ινστιτούτο